Киевский коллегиум стал центром, вокруг которого сосредоточивались лучшие научные и литературные силы того времени. В связи с ожесточением идеологической борьбы против экспансии католицизма и униатства, нарастанием освободительного движения против господства шляхетской Польши, углублением самосознания украинского народа киевские ученые главное внимание уделяли философским, политическим, историческим проблемам. Они стремились доказать право украинского народа на развитие своей культуры, языка, выступали проповедниками идей воссоединения Украины с Россией. Киевские ученые разрабатывали такие важные философские проблемы, как познаваем ли мир, пути познания, возможности человеческого разума и т. д.

Ставя перед собой главную цель — дать критику томистской философской системе католической церкви, киевские ученые, преподаватели коллегиума обращались к античному философскому наследию, патриотической православной литературе, творчески использовали философскую систему Аристотеля.

Об уровне преподавания философии в Киевском коллегиуме, отношении и понимании киевскими учеными важных философских проблем, свидетельствуют философские курсы, прочитанные Иосифом Кононовичем-Горбацким, Иннокентием Гизелем. Они состояли из логики, физики, метафизики. Логика давала представление о силлогизмах, универсалиях, физика — о материи, ее формах, количестве, качестве, времени, движении и т. д. Предметом рассмотрения метафизики являлось божественное — сущностное и его явления.

Анализ сохранившихся рукописей философских курсов И. Кононовича-Горбацкого и Иннокентия Гизеля дал основание современным исследователям говорить о наличии в них материалистических тенденций. И. Кононович-Горбацкий утверждал, что материя — «субстанция», пребывает в постоянном движении, и что движение является формой существования ее. Он писал, что мир существует независимо от человека и познаваем с помощью ощущений и интеллекта. Его материалистические и сенсуалистические идеи нашли свое развитие в последующих философских курсах Иннокентия Гизеля.

Иннокентий Гизель в курсе своих лекций (1645—1647) много внимания уделял вопросам познания. Заинтересованность этой проблемой киевских философов находилась в непосредственной взаимосвязи с восприятием гуманистических и реформационных идей, открывших человеку широкие возможности к познанию природы. Иннокентий Гизель считал, что исходным моментом в познании являются данные ощущений. Именно они дают количественную и качественную характеристику предметам. Вслед за Аристотелем он подчеркивал, что нет ничего в интеллекте, чего не было в ощущениях. Если в трактовке вопросов познания Иннокентий Гизель стоял на позициях стихийного материализма, то его метафизика базировалась на идеалистическом понимании сущностного, то есть сверхъестественного, воплощавшегося в боге. Метафизику он называл первой философией, поскольку она говорит о боге и божественных вещах, утверждает первооснову всего.

Киевские ученые с большим интересом относились к древнегреческой философии, литературе, истории. В библиотеке коллегии имелись сочинения Сенеки, Горация, Цезаря, Цицерона, трактаты Авиценны, произведение итальянского гуманиста Макиавелли и др. Значительной по количеству и содержанию была библиотека Петра Могилы. Наряду с богословской и церковно-служебной литературой в ней находились польские хроники, летописные сборники. Так, сборник, состоящий из отрывков «Истории Сарматской, Литовской, Русской, Словенской, Жмудской и большей части Польской», русских летописей, хронографов, начинался с предисловия, автор которого стремился определить первопричину мира. Он подробно писал о воззрениях древнегреческих философов на происхождение мира, излагал мысли Фалесса, который считал, что мир создан из воды, Гераклита — из огня и др. Автор знаком был с трудами Эмпидокла, Эпикура, Диогена, Зенона, которые «розный и розмаитый света початки клалы». Аристотель, Ксенофонт, Цицерон считали, пишет далее автор, что «сввт быти вьчный без початков и без доконаня». Но он отдавал предпочтение философской концепции Платона, утверждавшего, что первопричина в идеальном, то есть боге. Петр Могила завещал свою библиотеку Киевскому коллегиуму. Вместе с ней перешли и книги Иова Борецкого, который в свое время завещал часть своей библиотеки Петру Могиле.

Наряду с философской мыслью киевскими учеными разрабатывались передовые политические идеи восточнославянского и всеславянского единения. Они находили отражение на страницах литературных произведений, исторических сочинений.

В полемических произведениях, созданных в Киеве,— «Палинодии», «Протестации», а также в Густинской летописи, отчетливо отражена мысль о единстве происхождения, культурной близости русского, украинского и белорусского народов. Захария Копыстенский в «Палинодии», как и автор Густинской летописи рассматривали древнерусское государство как общий исторический этап для трех братских народов. Автор Густинской летописи писал, что в древности восточные славяне назывались по-разному — «поляне, древляне, севери, кривичи, или якоже и ныне Москва, Белая Русь, Волынь, Подоля, Украйна». Но главным для него являлось то, что «сіи все единокровны и единорастлны, и ныне все общеединымъ именемъ Русь нарицаются». В Густинской летописи, «Палинодии» много внимания уделено истории Древнерусского государства. События древнерусской истории занимают большую часть летописного изложения. Она начинается с истории основания Киева: «О Кіи князи Кіевском, ...великом княженіи Руском». Эти страницы проникнуты гордостью за славную историю восточных славян.

Для Захарии Копыстенского характерно светское понимание многих явлений общественной жизни и, в частности, периода Древнерусского государства. Он отошел от господствующего в средние века христианского провиденциализма, то есть воззрения на исторический процесс Как воплощение божьих помыслов. Так, причину распада древнерусского государства Захария Копыстенский в «Палинодии» видит в княжеских междоусобицах. Князья, пишет он, «и сами зъ собой почали валчити. А некоторіи до кролей ляцкихъ прибегали о помочь. Пришло до того, же ся и сповиновачовали. И тымъ почали малети и ослабевати монархове и княжата Росскіи». Излагая основные события истории украинского народа в XIV—XVI вв., когда украинские земли находились в составе Литовского и Польского государств, Захария Копыстенский, автор Густинской летописи стремятся не упускать из виду важнейшие события в Северо-Восточной Руси Они рассматривают историю «Великой, Малой и Белой Россіи» в неразрывной взаимосвязи. Так, Захария Копыстенский писал в «Палинодии»: «Припомяну еще вкоротце о делности Россове Великой Россіи... Іоанъ, царъ Московскій, две орды татарскіи, Казань и Астрахань, взялъ, и подъ свою моць подбилъ. А другая часть Яфето-Роского поколенья зъ Малой Россіи виходячи, а на за — порогахъ живучіи козаки — татары и места турецкіи на мори чолномъ воюють» (по библейной легенде о распределении мира между сыновьями Ноя «Яфету же имося полунощные страны и западныя». Восточные славяне считались одной из ветвей его рода). Как видим, в сочинениях, вышедших из-под пера киевских ученых и писателей, отчетливо выражена идея единства восточнославянских земель. Великая, Малая и Белая Русь — это единая русская земля, которая в силу исторических обстоятельств была расчленена. В то время как западные и юго-западные земли попали под власть Литовского и Польского государств, на северовосточных землях росло и укреплялось Московское государство. Именно оно служило притягательной силой для украинского и белорусского народов.

В «Палинодии» и Густинской летописи много места уделено характеристике казачества. В конце XVI — начале XVII в. казачество стало активной общественно-политической силой, способной выступить на борьбу за социальное и национальное освобождение. Казаки, пишет Захария Копыстенский в «Палинодии», «потомкове оных валечных Россов». В «Протестации» о казаках сказано, что они потомки «Яфето-Русского племени, которое Черное море переплывало и воевало с Византией». Характерно, что причину появления казачества писатели-полемисты, в частности в «Протестации», усматривали как следствие усиления социального и национального гнета. Казачество пополнялось за счет народных масс: «С разных городов и сел приходят люди (на Запорожскую Сечь), одни по своей воле, другие — вследствие разорений и гонений». В отличие от «Палинодии» и «Протестадни» в повести «О начале казаков», помещенной в Густинской летописи, возникновение казачества связано с созданием правительством Польского государства первых вооруженных отрядов для защиты южных границ от татарских набегов. Автор произвольно отнес это событие к 1516 г. Заслуги казачества в борьбе против турецко-татарской агрессии высоко оценивал Захария Копыстенский. Он писал, что казаческое войско спасало Речь Посполитую от разгрома во время Хотинской войны, где оно «мужне, преважне и рицерско поступовало».

В поле зрения киевских ученых было не только прошлое, но и настоящее восточнославянских и всех славянских народов. Автор Густинской летописи вводит в канву своих сюжетов важные известия из истории западных славян — год основания Краковского университета, ставшего всеславянским образовательным центром, пишет о гуситском движении в Чехии, о сожжении Яна Гуса и его сподвижника Иеронима. Наряду с идеей общности восточнославянских народов в исторических произведениях отчетливо выражена идея всеславянского единения перед угрозой турецко-татарской агрессии.

Густинская летопись, «Палинодия» создавались на основе древнерусских, «литовско-белорусских», русских летописей, польских хроник. Так, автор Густинской летописи ссылается на «Повесть временных лет», Галицко-Волынскую, русские летописи. Наряду с этим период с XIV в. освещался в основном на основе польских хроник, широко известных на украинских землях и хранившихся в библиотеках Киева. Большой популярностью на Украине пользовались труды польских хронистов XV—XVI в.— М. Промера, Я. Длугоша, А. Гваньини, М. Вельского, М. Меховского. Как автор Густинской летописи, так и Захария Копыстенский широко использовали «Хронику» М. Стрыйковского, изданную в 1582 г. Захария Копыстенский в «Палинодии» цитирует более 100 авторов, среди них римских и византийских историков: И. Флавия, М. Косиодора, историков церкви Барония, Зонара.